При взаимоотношениях с организациями, расположенными в Крыму и Севастополе, российским организациям необходимо учитывать следующее.
В настоящее время с поправками и дополнениями действует Федеральный конституционный закон от 21.03.2014 N 6-ФКЗ «О принятии в Российскую Федерацию Республики Крым и образовании в составе Российской Федерации новых субъектов — Республики Крым и города федерального значения Севастополя» (далее — Закон N 6-ФКЗ), являющийся неотъемлемой частью российского законодательства.
Согласно ст. 15 данного закона до 01.01.2015 на территории Республики Крым и города федерального значения Севастополя отношения по установлению, введению и взиманию налогов и сборов, в том числе по установлению налоговых льгот, а также отношения, возникающие в процессе осуществления налогового контроля, обжалования актов налоговых органов, действий (бездействия) их должностных лиц и привлечения к ответственности за совершение налогового правонарушения, регулируются нормативными правовыми актами соответственно Автономной Республики Крым и города Севастополя, Республики Крым и города с особым статусом Севастополя, Республики Крым и города федерального значения Севастополя.
При этом Республика Крым и город Севастополь считаются принятыми в РФ с даты подписания договора между РФ и ними о принятии их в РФ и образовании в составе РФ новых субъектов, то есть с 18.03.2014 (п. 3 ст. 1 Закона N 6-ФКЗ).
Следовательно, с этой даты крымские и севастопольские предприятия не считаются иностранными предприятиями, независимо от факта их регистрации в ЕГРЮЛ. А из пункта 1 ст. 161 НК РФ следует, что обязанности налогового агента возникают у российского налогоплательщика именно по отношению к не состоящим на налоговом учете иностранным предприятиям.
Смысл исчисления НДС налоговым агентом, если он имеет дело с иностранным лицом, не зарегистрированным в налоговых органах РФ, заключается именно в том, что на такое иностранное лицо не распространяется юрисдикция российских налоговых органов и они не имеют возможности применить к нему меры взыскания налога с проводимых им операций. Другое дело — предприятия, расположенные в Крыму. Они в любом случае отчитываются перед крымскими налоговыми органами, которые с 18.03.2014 являются частью налоговой системы РФ. Согласно постановлениям Госсовета Крыма (как указано в Законе 6-ФКЗ, его постановления являются частью российского законодательства) крымские предприятия исчисляют НДС, который поступает пусть в местный, крымский, но уже признаваемый российским бюджет.
При этом данные предприятия состоят на налоговом учете в территориальных налоговых органах Республики Крым и города Севастополя, пока отчитываясь в них в соответствии не с НК РФ, а с постановлениями Государственного совета Республики Крым от 11.04.2014 N 2010-6/14 «Об утверждении Положения об особенностях применения законодательства о налогах и сборах на территории Республики Крым в переходный период», от 21.05.2014 N 2150-6/14 «Об утверждении Положения о порядке администрирования отдельных налогов и сборов на территории Республики Крым в переходный период» и некоторыми другими.
Данный подход поддерживают чиновники. Так, в Письме ФНС России от 10.06.2014 N ГД-4-3/11220@ сказано, что вычет сумм НДС, предъявленных продавцом, являющимся налогоплательщиком Крыма, российскому налогоплательщику — покупателю при приобретении им товаров (услуг), производится российским налогоплательщиком — покупателем на основании налоговой накладной в порядке и на условиях, установленных ст. 171 и 172 НК РФ.
Это значит, что российский налогоплательщик в данном случае должен принять налоговую накладную в качестве счета-фактуры и имеет право на ее основании принять НДС к вычету (о том же сказано в Письме ФНС России от 30.05.2014 N ГД-4-3/10389@).
Добавим, что даже если контрагент указанной крымской организации будет считать себя налоговым агентом и заплатит в бюджет сверх суммы договора НДС, при последующей проверке налоговики будут иметь все основания отказать ему в вычете переплаты. Очевидно, что для него это будет просто излишне уплаченная в бюджет сумма налога, которую он имеет право вернуть, но именно как излишне уплаченную.
Кроме того, чтобы получить вычет при взаимоотношениях с иностранным лицом, налоговому агенту не обязательно иметь акт выполненных услуг, подписанный данным лицом, Налоговый кодекс этого не предусматривает.

Наша организация, находящаяся в Крыму и не прошедшая перерегистрацию, занимается оказанием услуг. Заказчиком выступает российская организация. Обе организации применяют общую систему налогообложения. На выставленную нами за услуги общую сумму по акту, в котором указан начисленный НДС, заказчик начисляет еще НДС по ставке 18%, мотивируя это положениями ст. 161 НК РФ. Согласно данной норме налоговыми агентами по НДС признаются организации и индивидуальные предприниматели, приобретающие на территории РФ товары (работы, услуги) у иностранных лиц, не состоящих на учете в налоговых органах в качестве налогоплательщиков. При этом заказчик настаивает, что эта сумма должна быть отражена и в акте оказанных услуг, поскольку впоследствии на основании акта он принимает ее к вычету. В договоре между нами указано: «В случае если таковое установлено действующим законодательством РФ, заказчик исчисляет, удерживает из стоимости услуг исполнителя и перечисляет в бюджет соответствующую сумму налогов, подлежащих удержанию на территории РФ». Правомерны ли требования покупателя услуг?